fixed error with existing directory

scripts/dama_arch.py

@@ -29,10 +29,7 @@ def main():
     
     temp_dir = f'{args.tempDir}'
     if not os.path.exists(temp_dir):
-        try:
-            os.makedirs(temp_dir)
-        except OSError as error:
-            pass
+        os.makedirs(temp_dir,exist_ok=True)
 
     start_time = time.time()
 

scripts/mclade_create_jobs.py

@@ -143,9 +143,9 @@ class CladeController:
     def createSearchFiles(self):
         print(f"[{script_name}] creating search jobs")
         if not os.path.exists(self.search_jobs_path):
-            os.makedirs(self.search_jobs_path)
+            os.makedirs(self.search_jobs_path,exist_ok=True)
         if not os.path.exists(self.search_results_path):
-            os.makedirs(self.search_results_path)
+            os.makedirs(self.search_results_path,exist_ok=True)
         #print(f"[{script_name}] loading CCMs dictionary")
         self.loadCCMsDict()
         self.createSearchJobs(self.search_jobs_path,self.name)
@@ -154,18 +154,18 @@ class CladeController:
     def createFilterFiles(self):
         print(f"[{script_name}] creating filter jobs")
         if not os.path.exists(self.filter_results_path):
-            os.makedirs(self.filter_results_path)
+            os.makedirs(self.filter_results_path,exist_ok=True)
         if not os.path.exists(self.filter_jobs_path):
-            os.makedirs(self.filter_jobs_path)
+            os.makedirs(self.filter_jobs_path,exist_ok=True)
         self.createFilterJobs(self.filter_jobs_path,self.name)
         #self.createQsubJob(self.filter_jobs_path,self.name)
 
     def createArchFiles(self,use_dama=False):
         print(f"[{script_name}] creating architecture jobs")
         if not os.path.exists(self.arch_results_path):
-            os.makedirs(self.arch_results_path)
+            os.makedirs(self.arch_results_path,exist_ok=True)
         if not os.path.exists(self.arch_jobs_path):
-            os.makedirs(self.arch_jobs_path)
+            os.makedirs(self.arch_jobs_path,exist_ok=True)
         if use_dama:
             self.createDamaArchJob(self.arch_jobs_path,self.name)
         else:

scripts/search_ccms_all.py

@@ -64,14 +64,11 @@ def main():
 
     temp_dir = f'{args[TMP_DIR]}'
     if not os.path.exists(temp_dir):
-        try:
-            os.makedirs(temp_dir)
-        except OSError as error:
-            pass
+        os.makedirs(temp_dir,exist_ok=True)
 
     results_dir = f'{args[RESULTS_DIR]}/{args[ACC_ID]}'
     if not os.path.exists(results_dir):
-        os.makedirs(results_dir)
+        os.makedirs(results_dir,exist_ok=True)
 
     start_time  = time.time()
     hmmsearch_args = [ args[HMMSEARCH_CMD],

scripts/search_hmm.py

@@ -64,14 +64,11 @@ def main():
 
     temp_dir = f'{args[TMP_DIR]}'
     if not os.path.exists(temp_dir):
-        try:
-            os.makedirs(temp_dir)
-        except OSError as error:
-            pass
+        os.makedirs(temp_dir,exist_ok=True)
 
     results_dir = f'{args[RESULTS_DIR]}/{args[ACC_ID]}'
     if not os.path.exists(results_dir):
-        os.makedirs(results_dir)
+        os.makedirs(results_dir,exist_ok=True)
 
     start_time  = time.time()
     hmmsearch_args = [ args[HMMSEARCH_CMD],