Improved cleanTheMess fucntion esgemme.py

esgemme.py

@@ -296,9 +296,10 @@ def cleanTheMess(prot,bFile,fFile, chainID):
         if fFile!=prot+"_"+chainID+".fasta":
             if os.path.isfile(prot+"_"+chainID+".fasta"):
                 os.remove(prot+"_"+chainID+".fasta")		
-#	if os.path.isfile(prot+"/"+prot+"_jet.res"):
-#		os.rename(prot+"/"+prot+"_jet.res",prot+"_jet.res")
-#	os.remove(prot+".pdb")
+    if os.path.isfile(prot+"_jet.res"):
+        os.remove(prot+"_jet.res")
+    if os.path.isfile(prot+".pdb"):
+        os.remove(prot+".pdb")
 	
 	# Get all files with suffix nwk
     treefiles = glob.glob('*.nwk')
@@ -315,6 +316,18 @@ def cleanTheMess(prot,bFile,fFile, chainID):
                 os.remove(f_path)
         os.rmdir(dir_name)
 
+    if os.path.isfile("bin1.fasta"):
+        os.remove("bin1.fasta")
+        os.remove("bin2.fasta")
+        os.remove("bin3.fasta")
+        os.remove("bin4.fasta")
+    
+    if os.path.isfile("caracTest.dat"):
+        os.remove("caracTest.dat")
+
+    if os.path.isfile("default.conf"):
+        os.remove("default.conf")
+    
 ###############################################################################
 def rankSortProteinData(dataArray, inverted=True):
     """