Removed ESGEMME_PATH dependency for alphabets files.

Dockerfile

@@ -9,12 +9,13 @@ ENV ESGEMME_PATH=/home/tekpinar/research/lcqb/ESGEMME
 COPY ./JET2/ ./JET2/
 COPY ./naccess2.1.1 ./naccess2.1.1
 COPY ./ESGEMME/esgemme/esgemme.py ./ESGEMME/esgemme/esgemme.py
+COPY ./ESGEMME/esgemme/alphabets ./ESGEMME/esgemme/alphabets
 COPY ./ESGEMME/esgemme/__init__.py ./ESGEMME/esgemme/__init__.py
 COPY ./ESGEMME/setup.py ./ESGEMME/setup.py
 COPY ./ESGEMME/requirements.txt ./ESGEMME/requirements.txt
 COPY ./ESGEMME/README.md ./ESGEMME/README.md 
-COPY ./ESGEMME/pred.R ./ESGEMME/pred.R
-COPY ./ESGEMME/computePred.R ./ESGEMME/computePred.R
+COPY ./ESGEMME/esgemme/pred.R ./ESGEMME/esgemme/pred.R
+COPY ./ESGEMME/esgemme/computePred.R ./ESGEMME/esgemme/computePred.R
 COPY ./ESGEMME/esgemme/default.conf ./ESGEMME/esgemme/default.conf
 COPY ./ESGEMME/data/ ./ESGEMME/data/
 COPY ./ESGEMME/examples/ ./ESGEMME/examples/